En un mismo servidor podemos tener varios subdominios apuntando al mismo servidor, por ejemplo:
alfa.misitio.com apuntando a /var/www/carpeta1
beta.misitio.com apuntando a /var/www/carpeta2
En el siguiente ejemplo voy a crear una carpeta para acceder cuando ingresemos a la url subdominio.misitio.com
Crear la carpeta donde va a apuntar el subdominio
mkdir /var/www/misitio
sudo chown -R www-data: /var/www/misitio
Crear el virtual host
nano /etc/apache2/sites-available/misitio.com.conf
Agregar el siguiente contenido
<VirtualHost *:80>
ServerName subdominio.misitio.com
ServerAlias subdominio.misitio.com
ServerAdmin webmaster@misitio.co
DocumentRoot /var/www/misitio/
<Directory /var/www/misitio/>
Options -Indexes +FollowSymLinks
AllowOverride All
</Directory>
ErrorLog ${APACHE_LOG_DIR}/misitio-error.log
CustomLog ${APACHE_LOG_DIR}/misitio-access.log combined
</VirtualHost>
Habilitar el virtual host
sudo a2ensite misitio.com.conf
Reiniciar apache
sudo service apache2 restart
Ya podemos ingresar a subdominio.misitio.com